1939 - 1945
Oběťmi nacistického okupačního režimu se stali dva profesoři školy. Ing. arch. Dr. Karel Chochola byl popraven za odbojovou ilegální činnost v Táboře v roce 1942 a Ing. arch. Hugo Foltýn zahynul v koncentračním táboře Buchenwald při náletu v roce 1944. Oběma byla 22. října 1947 odhalena pamětní deska ve vestibulu školy. Nacistická perzekuce zasáhla i další členy profesorského sboru a některé žáky. Ing. Miloš Vondruška, profesor Karel Gall a Ing. arch. Josef Kotlář byli zatčeni a vězněni. Po osvobození se vrátili a dále vyučovali.
5. únor 1941
Nařízení o předání budovy školy německé vojenské branné moci. Škola byla během jednoho dne přeměněna v kasárna. Ze tříd vznikly vojenské ložnice, z kabinetů skladiště a z prádelny ředitele vojenská kuchyně. Výuka pokračovala v provizorních učebnách v několika budovách města.
V té době byl zrušen internát ve Staroměstské ulici a přeložen do budovy Kongregace sv. Petra. Po roční výpovědi byl umístěn v restauračním sále ve Čtyřech Dvorech, kde zůstal až do konce války.
18. březen 1941
Změna názvu odborné pokračovací školy na živnostenskou školu.
14. říjen 1941
Pozastaveno vyučování dějepisu.
22. leden 1942
Nařízeno posílení výuky německého jazyka na šest hodin týdně a zavedení povinných večerních kurzů němčiny pro pedagogický sbor.
1941/1942
V rámci reorganizace školství změněn název školy na Vyšší průmyslovou školu v Českých Budějovicích.
1. září 1942
Do budovy v Resslově ulici přemístěna německá státní průmyslová škola strojnická.
1944
Mistrovské školy byly uzavřeny a žáci byli posláni na práci do říše.
1. září 1945
Návrat výuky do budovy v Resslově ulici, dílny zůstaly ve Staroměstské ulici. Pro nedostatek prostorů se muselo učit na dvě směny.
Přeložení internátu ze Čtyřech Dvorů do přízemí budovy.
Obnovení předválečné struktury školy s názvem Státní průmyslová škola stavební v Českých Budějovicích.
1945/1946
Zahájilo činnost ROH (Revoluční odborové hnutí). Prvním předsedou nově vytvořené organizace se stal profesor Karel Gall.
Zaveden čtyřletý obor s maturitou pozemní stavitelství.
1. říjen 1947
Zahájena výuka na nově zřízené dvouleté Vyšší průmyslové škole stavební pro absolventy mistrovských škol (tzv. nástavbová škola).
1947/1948
Zavedení přijímacích zkoušek z češtiny a počtů do mistrovských škol stavebních.
1948
Přístavba učeben a dílen v budově školy směrem do Resslovy ulice.
1949/1950
1. lyžařský výchovně výcvikový zájezd do Krkonoš.